Az Alpha Protocolban megtapasztalhatjuk, milyen egy kém élete, hiszen Michael Thorton egy ifjú katonai kém, ki spéci cuccaival operál. A kémkütyük ellenére azonban nem egy alkalommal kell majd harcokba bocsátkoznunk, amelyek során a változtos fegyverek, a fedezékrendszer, illetve a kezelhető TPS-nézet okán kellemes élményt nyújt.